В течение на пет десетилетия учените са спорили за това какво точно представляват пробиотиците. През 2002 г. Световната здравна организация прие определение за пробиотик. Това е непатогенен за човека микроорганизъм, който възстановява нормалната микрофлора в организма, като действа пагубно върху патогенните и условно патогенните бактерии.
Пробиотиците могат да се съдържат както в храната, така и в специално създадени и разработени лекарства или хранителни добавки. Например традиционно използваните от хората от векове храни с пробиотици са: кисело мляко, сирене и други продукти на основата на млечна киселина.